細胞中的RNA可以分為信使RNA、轉(zhuǎn)運RNA和核糖體RNA三大類,不同組織總RNA提取的實質(zhì)就是將細胞裂解,釋放出RNA,并通過不同方式去除蛋白,DNA等雜質(zhì),終獲得高純度RNA產(chǎn)物的過程。
RNA提取技術流程
細胞裂解
異硫氰酸胍/苯酚法(TRIZOL)
這是一種傳統(tǒng)的RNA提取方法,適用于大部分動植物材料,但對于次生代謝產(chǎn)物較多的植物材料提取RNA效果較差。
該法應用非常廣泛,適用于包括動物組織、微生物、培養(yǎng)細胞等在內(nèi)的各類動物性材料,同時還適用于次生代謝物較少的植物性材料,如幼苗、幼葉等。該法主要應用在動物組織和培養(yǎng)細胞的RNA提取中。
胍鹽/β-巰基乙醇法
RNA提取技術適用于各種不同動物材料和次生代謝物少的植物材料。
在這種方法中,胍鹽使細胞充分裂解,β-巰基乙醇作為蛋白的變性劑在實驗全程中可以抑制RNaseA的活性,保護RNA不被降解。
其它方法
有些植物材料多糖多酚含量較高,如植物果實,番茄的葉子等,有些植物木質(zhì)化程度較高,如根莖等組織。針對這類材料本公司推出了一種全新的植物總RNA提取試劑,該試劑特別適合于從富含多糖、多酚、淀粉的材料中提取純度高、完整性好的總RNA,有關的具體步驟將在分論中詳細介紹,實驗者可根據(jù)自己的需要進行選擇。
1.樣品處理
從各種不同來源樣品(如細菌、酵母、血液、動物組織、植物組織和培養(yǎng)細胞),或同一來源樣品的不同組織(如植物幼嫩葉片、成熟根、莖等)中提取高質(zhì)量的RNA,因細胞結構及所含的成分不同,樣品預處理的方式也各有差異。
樣品的要求
使用新鮮的樣品或取樣后立即在低溫(-20℃或-70℃)冷凍保存的樣品,避免反復凍融,因為這會導致提取的RNA降解和提取量下降。
樣品預處理方式
植物材料-液氮研磨
動物材料-勻漿、液氮研磨
細菌-溶菌酶破壁
酵母-液氮研磨、玻璃珠處理、混合酶破壁
硅基質(zhì)吸附法
隨著實驗方法的改進,現(xiàn)已發(fā)展出一種采用吸附材料純化核酸的方法。目前較常見的有:硅基質(zhì)吸附材料、陰離子交換樹脂和磁珠等。硅基質(zhì)吸附材料因其具有可特異吸附核酸,使用方便、快捷、不使用有毒溶劑如苯酚等優(yōu)點,成為核酸純化的S選。
RNA提取技術純化及獲得
純化要求
RNA樣品中不應存在對酶(如逆轉(zhuǎn)錄酶)有抑制作用的有機溶劑和過高濃度的金屬離子。避免其它生物大分子如蛋白質(zhì)、多糖和脂類分子的污染。排除DNA分子的污染。
純化方法及沉淀
方法一:有機溶劑抽提法
抽提
在使用RNA提取試劑進行RNA提取時,常使用進行抽提,以去除蔗糖、蛋白等雜質(zhì),并促進水相與有機相的分離,從而達到純化RNA的方法。在本公司的提取RNA的產(chǎn)品中,與TRIzol同型試劑法及其衍生試劑盒。
沉淀
抽提RNA后,一般采用了異丙醇或乙醇來沉淀水相RNA。加入0.6倍水相體積的異丙醇或與水相等體積的異丙醇,室溫沉淀20-30分鐘,高速離心,可獲得RNA沉淀。
溶解沉淀
加入適量RNase-free ddH2O溶解RNA沉淀。
纖維組織
心臟/骨骼肌等纖維組織提取RNA的關鍵在于*破碎組織。這些組織細胞密度低,單位重量的組織中RNA含量較低,建議增加起始量。此外,一定要在液氮中將組織*磨碎。
蛋白/脂肪含量較高的組織
腦或植物脂肪含量高,酚抽提后,上清含白色絮狀物。必須用再次對上清進行抽提。
RNA提取技術純度檢測---分光光度計法
通過OD260/280來檢測RNA純度,OD260/230作為參考值。
OD260/280在1.9-2.1之間,可以認為RNA的純度較好;
OD260/280值小于1.8,則表明蛋白雜質(zhì)較多;
OD260/280值大于2.2,則表明RNA已經(jīng)降解;
OD260/230值小于2.0,則表明裂解液中有異硫氰酸胍和β-巰基乙醇法殘留。
注意:如果用TE溶解或洗脫RNA,會使OD260/280值偏大。